Mewtwo, potężny Pokémon, obudził się z długiego snu w opuszczonym laboratorium, gdzie naukowcy bezskutecznie próbowali ujarzmić jego ogromną siłę. Otaczając go aurą wibrującej energii, Mewtwo zdecydował, że nadszedł czas, aby chronić słabszego Pokémona i przywrócić równowagę w naturze. W swojej podróży spotkał grupę trenerów, którzy pomimo początkowych zamiarów schwytania go, dołączyli do niego po zrealizowaniu jego prawdziwej misji. Razem stawili czoła niebezpiecznym przeciwnikom i złym stworzeniom, a Mewtwo dowiedział się o przyjaźni i wartości zaufania. Ostatecznie potężny Pokémon stał się symbolem nadziei i ochrony dla wszystkich Pokémonów na świecie.
