W grzybowym królestwie Mario i Luigi przygotowywali się na nową przygodę, gdy Księżniczka Peach została ponownie porwana przez przerażającego Bowsera. W swoim nieodłącznym czerwonym kapeluszu Mario zebrał się na odwagę i w towarzystwie brata przemierzał kolorowe góry i zaczarowane lasy, stawiając czoła dziwnym stworzeniom i zdradzieckim pułapkom. Po drodze spotkali Ropuchy, które oferowały im potężne przedmioty i cenne wskazówki. W miarę rozwoju duetu przyjaźń i determinacja stały się ich największą bronią. Wreszcie, po zaciętej bitwie w zamku Bowsera, Mario i Luigi zdołali uratować księżniczkę i przywrócić pokój w królestwie, świętując wielką imprezą plenerową, pełną radości i magicznych grzybów.
