W słoneczny dzień w Królestwie Grzybów Bowser, budzący strach król Koopa, zdecydował, że nadszedł czas, aby pokazać swoją prawdziwą moc. Z ogłuszającym rykiem posłał w niebo potężne płomienie, podczas gdy jego imponująca forteca wznosiła się w tle, rzucając groźne cienie na całą krainę. Mario i Luigi, zaalarmowani chaosem, ponownie połączyli siły, aby ocalić księżniczkę Peach i przywrócić pokój. Przygotowywali się do starcia z Bowserem w epickiej bitwie, w której wystawiona zostanie na próbę odwaga i przyjaźń. Walka miała się rozpocząć i od nich zależał los królestwa.
