Mewtwo, das mächtige Pokémon, ist aus seinem langen Schlaf in einem verlassenen Labor erwacht, in dem Wissenschaftler erfolglos versucht haben, seine immense Kraft zu nutzen. Mewtwo war von einer Aura lebendiger Energie umgeben und beschloss, dass es an der Zeit sei, die schwächeren Pokémon zu beschützen und das Gleichgewicht in der Natur wiederherzustellen. Auf seiner Reise traf er auf eine Gruppe von Trainern, die sich ihm anschlossen, nachdem sie seine wahre Mission erkannt hatten, obwohl sie ursprünglich die Absicht hatten, ihn zu fangen. Gemeinsam stellten sie sich gefährlichen Gegnern und bösen Kreaturen, während Mewtu etwas über Freundschaft und den Wert von Vertrauen lernte. Am Ende wurde das mächtige Pokémon zum Symbol der Hoffnung und des Schutzes für alle Pokémon auf der Welt.
